Kolekcja siRNA

Wielkoskalowe przeszukania utraty funkcji są jednym z narzędzi pozwalających zidentyfikować geny uczestniczące w badanym procesie biologicznym lub zidentyfikować procesy, których jednoczesna inaktywacja prowadzi do uwrażliwienia wyselekcjonowanego typu komórek (np. komórek nowotworowych).

Jednym ze sposobów indukowania utraty funkcji genu jest interferencja RNA (RNAi). W procesie tym, krótki interferujący RNA (siRNA) hybrydyzuje w komórce z komplementarnym mRNA, co prowadzi do degradacji tego mRNA i braku syntezy odpowiadającego mu białka. Proces ten jest wykorzystywany w badaniach wysokoprzepustowych, w których chemicznie zsyntetyzowany siRNA jest wprowadzany do ssaczych komórek hodowanych in vitro. Procedurę tę często łączy się z wysokoprzepustową mikroskopią fluorescencyjną, co pozwala na jednoczesne monitorowanie różnych procesów.

Pracownia Biologii RNA IBB PAN posiada kolekcję siRNA, która zawiera siRNA dla prawie wszystkich genów kodujących białka u człowieka. Na podstawie danych literaturowych i naszych analiz, wykorzystując wybrane części genomowej bibioteki siRNA, stworzyliśmy odrębne kolekcje zawierające siRNA dla genów zaangażowanych w wybrane procesy biologiczne. Zastosowanie tych ukierunkowanych bibliotek umożliwia obniżenie kosztów badań, zmniejsza niezbędny wysiłek eksperymentalny oraz skraca czas wykonania przeszukiwań.

Obecnie dysponujemy następującymi bibliotekami siRNA:

• Biblioteka całogenomowa (18106 genów)
• Biologia mitochondriów
• Biologia RNA
• Homeostaza białek
• Transport wewnątrzkomórkowy

W ramach współpracy naukowej lub usługi komercyjnej oferujemy wsparcie w zaplanowaniu odpowiedniego eksperymentu, opracowaniu procedury wysokoprzepustowego oznaczenia, oraz w samym wykonaniu przeszukania. Dysponujemy sprzętem umożliwiąjącym powielanie bibliotek oraz hodowlę i manipulację komórek w formacie 96- lub 384-dołkowym, wykonanie oznaczeń z użyciem ilościowej mikroskopii fluorecencyjnej lub czytników płytek wielodołkowych. Dostępna u nas infrastruktura umożliwia wydajne i wiarygodne testowanie wielu warunków hodowli jednocześnie.

Zainteresowanych badaczy z jednostek naukowych lub firm sektora badawczo-rozwojowego prosimy o kontakt z dr. Przemysławem Surowieckim (szczesnylab@ibb.waw.pl).